En su etapa de jugador, ocupaba la demarcación de mediocentro defensivo. Desarrolló la mayor parte de su carrera entre el Olympique de Marseille y la Juventus F.C., con los que se proclamó campeón de Europa en 1993 y 1996 respectivamente. Su último club como futbolista fue el Valencia CF, con el que fue finalista en 2001 de la Liga de Campeones.
Con la selección francesa fue internacional en 103 partidos y capitaneó a la Francia del doblete, campeona del Mundial de Francia 1998 y de la Eurocopa 2000.
Deschamps tuvo al principio una corta carrera como jugador de rugby, pero comenzó su carrera de futbolista amateur en el Aviron Bayona, su potencia fue rápidamente avistado por los ojeadores del FC Nantes que lo incorporaron en el año 1983, debutó en la liga francesa el año 1985.
Tras cuatro temporadas en el Nantes, Deschamps fichó por el Olympique de Marseille, donde estuvo una temporada, fichando a la siguiente por el Girondins de Bordeaux, solo para regresar al Marsella a la temporada siguiente, Deschamps se convirtió en el líder del equipo marsellés y fue una de las principales claves del título del Olympique en laUEFA Champions League de la temporada 1992-93, estaba bastante claro que el destino de Deschamps era el de recalar tarde o temprano en algún grande de Europa, y así fue.
En 1994, Deschamps se unió a la Juventus F.C., allí vivió una de sus mejores etapas como futbolista, ganando tres Scudettos, una Copa de Italia, dos Supercopas de Italia, su segunda Champions League y una Copa Intercontinental.
Tras cinco temporadas con los bianconeri, Deschamps se marchó al Chelsea inglés, allí jugó una temporada ganando una FA Cup, finalizó su carrera futbolística en la Liga española, jugando la temporada 2000-01 en el Valencia CF, aunque Deschamps no llegó a triunfar en el club español, principalmente por problemas de adaptación. En verano de 2001, Deschamps decidió colgar las botas, contando con sólo 32 años.
En la selección francesa es el sexto jugador con más partidos (103) después de Thuram (142), Thierry Henry (123), Marcel Desailly(116), Zinedine Zidane (108) y Patrick Vieira (107). Ha conseguido varios torneos y logró anotar 4 goles en su selección.
Ganó la Copa Mundial de Fútbol de 1998, en que Francia era local, al lado de varios jugadores como Lilian Thuram, Zinedine Zidane,Fabien Barthez, Marcel Desailly, Patrick Vieira, David Trezeguet y Thierry Henry, entre otros, ganándole al aquel entonces tetracampeón Brasil.
Nada más retirarse, se convirtió en entrenador del AS Monaco. Estuvo en el cargo cinco años, ganando la Copa de la Liga de Francia y llegando a la final de la Liga de Campeones, pero su rival, el FC Porto, le endosó un 3-0. Dimitió en septiembre de 2005 tras un mal arranque de temporada.
En 2006, comenzó a entrenar a su ex equipo, la Juventus F.C., tras el escándalo de corrupción, que lo había condenado al descenso y a una sanción extra de 9 puntos. A pesar de la complicada situación, llevó al equipo transalpino a ser campeón de la Serie B y lograr el ascenso. Abandonó el club nada más terminar la temporada.
El 5 de mayo de 2009, la web oficial del Olympique de Marseille anunciaba que sucedería a Eric Gerets al frente del equipo. Al año siguiente llevó al Marsella a proclamarse campeón de la Ligue 1, título que no lograba desde hacía 18 años. El 2 de julio de 2012 se anuncia que abandona el banquillo marsellés.
Actualmente dirige a la selección de Francia. Consiguió la clasificación para el Mundial de Brasil en la repesca al vencer a Ucrania y renovó su contrato hasta la finalización de la Eurocopa 2016.
